Gagnrýnin sem Atkins mataræðið hefur fengið hefur byggst á því að margir hjartasérfræðingar hafa bent á að mikið sé um mettaðar fitusýrur í þeim fæðutegundum sem þessi megrunarkúr byggist á og því sé mikil hætta á hjarta- og kransæðasjúkdómum.

Í grundvallaratriðum byggist Atkins mataræðið á því að borða fyrst og fremst prótín og fitu, en lítið af kolvetnum.
Karlmaður sem er 51 árs gamall er talinn hafa fengið hjartasjúkdóm í kjölfar Atkins mataræðis. Mataræðið veldur uppsöfnun ketóna í líkamanum sem geta valdið vefja og æðaskemmdum.  Maðurinn hafði verið undir eftirliti læknis áður en fór á Atkins mataræðið og sýndi engin merki um hjartasjúkdóma. Mæling á heildar-kólesteróli og svonefndu vonda LDL kólesteróli mældis 145 og 85 mg/dl áður en hann byrjaði á Atkins mataræðinu.  Hann hafði farið í hjartaskönnun sem sýndi engin merki um hjartasjúkdóma sömuleiðis. Eftir að hafa verið þrjú ár á Atkins mataræðinu var hinsvegar ljós að maðurinn var kominn með hjartasjúkdóm. Mælingar sýndu eftir þessi þrjú ár að kólesterólið var komið í 230 annars vegar og 154 hinsvegar. Hann átti ennfremur við alvarlega risvandamál að stríða, en það hafði ekki verið raunin þremur árum áður. Það sem varð til þess að hann var lagður inn á sjúkrahús var að hann fann fyrir brjóstverkjum. Reyndist ein kransæðin að hjartanu hafa þrengst verulega.
 
Hann hætti snarlega á Atkins mataræðinu eftir þessa greiningu og kólesterólið fór í fyrra horf auk þess sem risvandamálið var ekki lengur vandamál.
Þetta var auðvitað einungis eitt tilfelli og það þykir ekki sérlega vísindalega að verki staðið að fullyrða mikið um niðurstöður sem byggjast einungis á einu tilfelli. Staðreyndin er hinsvegar sú að þetta tilfelli er nokkuð sérstakt í ljósi þess hversu vel var fylgst með heilsu hans fyrir og eftir mataræðið. Eitt tilfelli boðar því ekki endilega að þetta komi til með að eiga við um alla aðra.
 
(Journal of the American Dietetic Association, 109: 1263-1265, 2009)